

Se han localizado manantiales en el canal que conecta la laguna con el mar, varios en la margen norte, donde crece la planta acuática (Ceratophylium demersum) y dos pequeños en tierra adentro entre las vegetaciones tipo Eneras y juncos. Es seguro que deben haber cientos de estos manantiales distribuidos en distintos sitios en el fondo de la Laguna y entre la vegetación que la bordea.
Los suelos en las inmediaciones de la Laguna son diversos. Están compuestos en su mayoría por arena silicio lo cual imparte acidez al suelo. La condición ácida de los suelos propicia el establecimiento de una diversas de especies endémicas raras en peligro de extinción.
La laguna posee un gran valor ecológico. Este cuerpo de agua es en realidad la única laguna natural de P R. Sirve como barrera de difusión entre las aguas marinas y las aguas dulces subterráneas de esta región.
Esta reserva está constituida por pantanos: ciénagas, flora rara y endémica, así como especies en peligro de extinción, arenas silíceas, mogotes y cuerpos de agua.
Flora:
La flora ha sido identificada como la cuarta de mayor importancia en la isla. distinción que comparte con los Bosques de Maricao, Toro Negro y Bosque Nacional Caribe( EL Yunque). Las condiciones poco frecuentes de los suelos de la Laguna han originado una rara y variada vida vegetal. Es por eso que el área cuenta, entre sus más importantes recursos biológicos, con comunidades de plantas de gran diversidad. Existen alrededor de 717 especies conocidas y pertenecientes a 119 familias. De estas, 265 son especies indicadoras de terrenos pantanosos, 132 especies de árboles, 79 especies de juncos, 78 hiervas, 38 especies de helechos y 20 especies de orquídeas,
Se encuentran entre estas 144 especies raras y en peligro de extinción, 56 especies habitan en las arenas finas y blancas que circundan La laguna, 110 especies habitan sobre los suelos orgánicos de los pantanos y 37 son especies nativas de América. Estas últimas se encuentran en Puerto Rico única y exclusivamente en la Reserva de la laguna Tortuguero.
Se encuentran, además siete especies de plantas insectívoras en el área de la laguna: dos de estas solamente se encuentran en Tortuguero, estas son: Rocios del sol (Drosera capilaris y Ultcularia subuleta clesitogama.
Fauna:
Aves:
Esta Reserva posee un ambiente propicio para una diversidad de aves debido a su fuente de alimentos continuos y por ser un lugar de anidaje y refugio. Se han obervado 83 especies de aves distribuidas a través de toda el área de la Reserva
De estas 30 especies son migratorias y el resto reside en P R entre las residentes, hay cuatro especies que son endémicas. Estas son: la Reinita de PR (Coreba flaceola portoricensis), La Calandria de P R, el Mozambique, y la Reina Mora de PR
En la laguna podemos encontrar la Tigua, (podiceps dominicus). El Pato Chorizo, La Gallareta inglesa, El Gallito, cuatro especies de aves muy raras en P R. las primeras tres son residentes de PR mientras que el Gallito , es un ave migratoria y rara en la Isla.
Peces:
Los peces en la Laguna son bastantes abundantes, aunque generalmente pequeños. Esto se debe a que la Laguna sirve como refugio y criadero natural de especies juveniles. Se han observado 23 especies de peces. La Laguna Tortuguero es un sistema único de nuestra isla por los componentes de su ictiofauna.
Se encuentran variadas de especies nativas como la anguila, el agujón, el sábalo, el róbalo, el jurel ojón, y el mojarra. Entre los peces introducidos, de gran interés de los pescadores por su tamaño estas la chopa, la tilapia y la lobina . Se destaca la presencia de peces ovíparos pertenecientes al género Poecilia, uno de ellos conocido por guppy y que habita entre las plantas acuáticos.
Especies exóticas introducidas:
A mediados de la década de 1970 se han observado la presencia de caimanes en el áreas de la Laguna Tortuguero en Vega Baja.
Fueron introducidos accidentalmente mediante la compra y venta indiscriminada de caimanes en el mercado de mascotas. A media que fueron creciendo, sus dueños los fueron liberados cerca de la laguna donde se has establecido.
Estos animales exóticos genera problemas a corto y largo plazo para la agricultura, para la flora y la fauna nativa.
El Departamento de Recursos Naturales preparó un plan de Control población .Se lleva a cabo esto en forma nocturna. El caimán tiene alta mortalidad. La población de caimanes es madura. Se ha logrado reducir la densidad encontrada a comienzos del programa. El objetivo final es disminuir la densidad poblacional a un nivel en que los caimanes no causen daños considerables al ecosistema.
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